故事以现代东京为背景，在也门担任无国界外科医生，目前归国的Wato Tachibana（贯地谷诗穗梨），与任职警队的调查顾问Sara Shelly Futaba（竹内结子），组成搭档，以过人的推理技巧，破解一件又一件的悬案。

明智五郎是一位私家侦探，在高级地段表参道开设事务所，同时还是位美食家，对事物十分讲究。有一天，一位女性委托明智调查丈夫是否外遇。没想到，这桩平凡无奇的调查，竟发生出乎意料的转折！与“食”相关的奇异侦探...

在宁静的小村庄里，一种怪病正在慢慢吞噬着村民们的生命。作为全村唯一能够拔出勇者之剑的青年义彦（山田孝之 饰），去往未知的远方寻找灵药成为了他义不容辞的责任。灵药很快就被义彦找到了，可是故事并没有结束。...

かわぐちかいじの同名マンガを映画化した「沈黙の艦隊」の続編にあたる物語が後半で紡がれる。